医院废水处理的主要目的是通过选用各种各样水处理技术去除污水中的污染物，以达到排放标准。当代污水处理技术，按处理程度划分，可分成一级、二级和三级处理。
一级处理
一级处理为物理处理法，关键去除废水中呈飘浮状态的固体污染物质。历经一级处理后的废水，BOD通常可去除30%左右，达不到排放标准的要求。
二级处理
二级处理关键去除废水中呈胶体溶液和溶解状态的有机污染物质（即BOD,COD物质），去除率能达90%之上，使有机污染物达到排放标准。处理工艺步骤为一级处理+生物处理，生物处理选用活性污泥法和生物膜法等。
三级处理
三级处理，关键是进一步处理难降解的有机物、磷和氮等能够导致水体富营养化的可溶性无机物等。关键方法有生物脱氮除磷法、混凝沉淀法、砂滤法、活性炭吸附法、离子交换法和电渗析法等。
其它处理法
普通病房等通常生活污水先经化粪池处理；传染性疾病门急诊和病房的废水应分开搜集处理；厨房职工食堂的废水应经设隔油设备处理；放射性废水应分开搜集处理（历经衰变池）等。
消毒杀菌处理
消毒杀菌加工工艺是废水处理的最终一步，关键是消灭废水中的致病微生物和粪大肠菌群，以达到直接排放标准的要求。关键的消毒杀菌方法有次氯酸钠、臭氧、紫外线、液氯、二氧化氯等若干种。
医院污水处理工艺的确定
医院污水处理属于小型废水处理工程。通常小型生活污水二级处理工艺常用的有活性污泥法、生物膜法中的生物接触氧化法和生物转盘法等。
生物接触氧化法
生物接触氧化法的两个技术实质：一是在池内加入填料，早已充氧的废水浸入全部填料，同时以一定的流速流经填料，填料上吸附了生物膜，在生物膜上微生物的作用下去除废水中的有机物；二是选用曝气装置向微生物提供所需要的氧气，并起到搅拌和混合的作用。可以说，生物接触氧化法具有活性污泥法的特点，还具有无污泥膨胀、容积负荷高、间歇运行、操作简单、运行方便，不需要回流污泥、污泥生成量少等特点，并且管理简单，剩余污泥少，占地面积小，比较适用于医院废水的处理。
消毒杀菌加工工艺
医疗机构废水处理选用的消毒设备或消毒剂分成两大类：一类是选用发生器现场制备消毒剂，例如电解法次氯酸钠发生器、化学法二氧化氯发生器、臭氧发生器、紫外线发生器；另一类是选用商品消毒剂由计量泵自动定比投加，例如液氯和高浓度次氯酸钠溶液。无论选用何种消毒剂，均应将运行安全、管理方便、少耗水电、造价及维护费用低廉等方面做为选用的先决条件。
电解法次氯酸钠发生器是选用工业食盐作原料，生产过程中耗盐、耗电、耗水、耗人工，且维修费用较高；臭氧发生器生产消毒剂成本较高，不适用高浓度废水消毒杀菌；紫外线消毒器穿透力有限，不适用大流量、高浓度废水消毒杀菌；液氯是经济有效的消毒剂，但由于其具有毒性，存在安全隐患，北京市区内早已禁止应用；二氧化氯发生器制备消毒剂，优点是不再产生其它有毒物质及毒副作用，对芽孢及肝炎病毒有较强的消毒杀菌效果，接触时间短，是当前可选的消毒杀菌方式；高浓度次氯酸钠溶液计量泵自动定比投加，经济、安全，方便管理，特别是在北京地区药液供应充分及时，是优先选择的消毒杀菌方式，也是现阶段应用数最多的污水处理消毒杀菌方式。
综上所述，本废水处理工程选用商品高浓度次氯酸钠溶液做为平时消毒剂，并选用计量泵自动定比投加的消毒杀菌方式，同时备有化学法二氧化氯发生器两台以备紧急情况时现场制备消毒剂。
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